Francisco Pacheco nació en Ponte de Lima, en el norte de Portugal, hacia 1565, en una familia noble. Siendo estudiante en Lisboa se sintió llamado a las misiones de Japón, entró en la Compañía de Jesús y, ya sacerdote, llegó al archipiélago a comienzos del siglo XVII. Allí trabajó primero en tiempos de relativa libertad y después, cuando el shogunato prohibió el cristianismo en 1614, permaneció oculto para seguir atendiendo a los fieles. Llegó a ser provincial de los jesuitas en Japón y administrador de la diócesis.
En diciembre de 1625, durante la persecución desatada en el territorio de Arima y Shimabara, fue detenido en la casa de unos cristianos que lo hospedaban. En los meses siguientes cayeron también otros dos sacerdotes jesuitas, el granadino Baltasar de Torres y el italiano Juan Bautista Zola, junto con varios colaboradores japoneses y un coreano, Vicente Kaun, que servían como catequistas y acompañantes de los misioneros: Pedro Rinsei, Juan Kisaku, Pablo Kinsuke, Miguel Tozo y Gaspar Sadamatsu. Todos ellos habían sido admitidos en la Compañía.
Tras meses de cárcel, fueron condenados a morir quemados vivos y la sentencia se ejecutó en Nagasaki el 20 de junio de 1626. Forman parte del amplio grupo de mártires de Japón beatificados por el papa Pío IX el 7 de julio de 1867. Su testimonio recuerda la fidelidad de una Iglesia que sobrevivió durante siglos en la clandestinidad, sostenida en buena parte por catequistas laicos como los que murieron con él.
Biografía: redacción de Misa de Hoy.