Magdalena nació en 1611 cerca de Nagasaki, en Japón, en una familia cristiana. Sus padres y hermanos murieron mártires cuando ella era todavía joven, durante la persecución desatada por los shogunes Tokugawa, que habían prohibido el cristianismo y expulsado a los misioneros. En 1624 conoció a dos misioneros agustinos recoletos, Francisco de Jesús y Vicente de San Antonio, que más tarde también murieron mártires y hoy son beatos. Atraída por su testimonio, se consagró a Dios como terciaria agustina recoleta.
Desde entonces dedicó su vida a la oración y a servir a los cristianos ocultos, actuando como catequista e intérprete de los misioneros y llevando ayuda a los creyentes que vivían escondidos en las montañas. Tras la ejecución de los agustinos, siguió su labor con el apoyo de los dominicos y se hizo terciaria dominica.
En 1634, en plena persecución, se presentó voluntariamente ante los guardias declarando que era cristiana, con la esperanza de animar a otros que habían cedido. Fue sometida al tormento de la horca y la fosa: colgada cabeza abajo con medio cuerpo dentro de un hoyo. Resistió trece días rezando y cantando, hasta que murió el 15 de octubre de 1634. Su cuerpo fue quemado y sus cenizas arrojadas al mar. Juan Pablo II la beatificó en Manila en 1981 y la canonizó en 1987 junto con san Lorenzo Ruiz y otros mártires de Japón, cuya fiesta común se celebra el 28 de septiembre.
Biografía: redacción de Misa de Hoy.