Juan de Santa Marta fue un fraile franciscano español nacido en Cataluña, cerca de Tarragona, en la segunda mitad del siglo XVI. Desde niño mostró grandes dotes para la música: fue niño cantor en la catedral de Zaragoza y más tarde cantor en la de Zamora. Después ingresó en la Orden de los Hermanos Menores y fue ordenado sacerdote.
Deseoso de ser misionero, partió hacia Filipinas con un numeroso grupo de franciscanos y de allí pasó a Japón, donde la Iglesia había crecido notablemente desde la llegada de san Francisco Javier. Durante unos diez años evangelizó varias regiones del país y puso su talento al servicio de la misión enseñando música a cientos de alumnos. Se le recuerda por su vida pobre y austera. Cuando en 1614 el gobierno japonés prohibió el cristianismo y expulsó a los misioneros, fray Juan fue desterrado, pero regresó en secreto y siguió atendiendo a los cristianos perseguidos disfrazado de japonés.
Fue finalmente arrestado y pasó varios años en prisión en condiciones muy duras. Murió decapitado en Kioto el 16 de agosto de 1618; según los testimonios, fue predicando por el camino y cantando el salmo «Alabad al Señor, todas las naciones». Pío IX lo beatificó en 1867 junto con otros doscientos cuatro mártires de Japón.
Biografía: redacción de Misa de Hoy.