Agustín Ota nació hacia 1572 en la región de Hirado, en el oeste de Japón, en una familia no cristiana. Siendo joven conoció a los misioneros jesuitas, se convirtió y recibió el bautismo con el nombre de Agustín. Durante años sirvió como sacristán en la misión y después como catequista y compañero del jesuita italiano Camilo Costanzo, con quien recorrió las islas del archipiélago de Hirado atendiendo a las comunidades cristianas en plena clandestinidad.
Desde 1614 el shogunato Tokugawa había prohibido el cristianismo y expulsado a los misioneros, de modo que los sacerdotes que permanecían en el país, y quienes los ayudaban, se arriesgaban a la muerte. En 1622, mientras se trasladaban en barca de una isla a otra, Costanzo y sus acompañantes fueron delatados y apresados. Durante su cautiverio, Agustín pudo cumplir su deseo de ser admitido en la Compañía de Jesús como religioso.
Fue decapitado en la isla de Iki el 10 de agosto de 1622, pocas semanas antes de que el padre Costanzo muriera quemado vivo en Hirado. Ese mismo año, llamado por los cronistas el de la «gran matanza», murieron por su fe numerosos cristianos japoneses y misioneros extranjeros. Pío IX lo beatificó en 1867 junto con otros 204 mártires de la persecución japonesa de aquellas décadas.
Biografía: redacción de Misa de Hoy.