João Baptista Machado nació hacia 1580 en Angra, en la isla Terceira del archipiélago portugués de las Azores. Ingresó en la Compañía de Jesús en 1597 y, como tantos jóvenes jesuitas portugueses de su tiempo, fue destinado a las misiones de Asia, que la Corona de Portugal sostenía a través de la ruta de la India. Completó su formación en los colegios que la Compañía tenía en Oriente y en 1609 llegó a Japón, donde la Iglesia, fundada medio siglo antes por san Francisco Javier, contaba con numerosas comunidades.
En 1614 el gobierno del shogunato Tokugawa decretó la expulsión de todos los misioneros y la prohibición del cristianismo. Machado fue uno de los sacerdotes que decidieron quedarse en la clandestinidad para no dejar sin sacramentos a los fieles japoneses, y ejerció su ministerio de forma oculta en la zona de Nagasaki y en las islas de Gotō. Fue descubierto y arrestado en 1617.
Condenado a muerte, fue decapitado el 22 de mayo de 1617 cerca de Ōmura junto con el franciscano Pedro de la Asunción. Ambos se cuentan entre los primeros misioneros ejecutados en la gran persecución del siglo XVII y forman parte del grupo de 205 mártires de Japón beatificados por el papa Pío IX en 1867. En su tierra natal es especialmente recordado: la diócesis de Angra lo venera como uno de sus protectores.
Biografía: redacción de Misa de Hoy.